# RStudio Cloudの基本操作，ライブラリのインストール，ファイルの操作
# DS1-resume2020-00.R
# 作成：2020年05月09日，改訂：
# 説明：RStudioとRの基本的な操作をコメント文（行左端が#から始まる）とその関数の形で構成されています
# 　　　読めばわかるように書いていますので，説明を読みつつ，関数を実行して結果を確認していってください

# RStudioの4つの画面（ペイン: pane） ----
# RStudioはRでのデータ処理を効率化できるように，4つの画面が利用できる
# Console
# Source
# 以下は自分の使うものを適当に選んで2つに振り分け
# Environment, History, Connections,...
# Files, Plots,..

# ちなみに4つの画面の位置とその内容は変更可能
# 変更はToolsのGeneral OptionsのPane Layoutで可能（前回説明の通り）

# RStudio Cloudでの関数の実行 ----
# Rでは関数を使って色々な処理を実行する（関数については先の回で説明する）
# Rの関数をRStudio Cloudで実行する方法は次の2つがある
# 1)Console画面から直接入力してEnterキーを押して実行
# 2)Source画面で開いたRのソースファイルからRunボタンを使って実行

# Console画面からの直接入力を利用したRソースファイルのダウンロード ----
# 覚えておくと超便利（ただし安全なファイルに対してのみ実行すること！）
# Console画面でインターネットから直接ダウンロードして読み込む場合はdownload.file()関数を使用
# download.file()を利用するとインターネット上のファイルをダウンロードして取り込むことができる
# データなどの取り込みについては先で再度実習する
# 例としてhttp://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/DS1-resume2020-00.Rというファイルをダウンロード
# 次の例では，1番目の引数が取り込むファイルのパス，2番目の引数が保存するファイル名，3番目は書き込みのモードの指定

download.file("http://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/DS1-resume2020-00.R", "DS1-resume2020-00.R", mode="wb")

# 読み込まれたソースファイルをSource画面に表示するためには，File画面で表示したいファイルをクリック
# ここまでは，このソースファイルを読まずに実行して来たはず


# Source画面での関数の実行 ----
# この説明を読んでいるSource画面でもRの関数を実行することができる
# 先頭に「＃」が付いている行はコメント（注釈）で実行しても単純にConsoleにその内容が表示されるだけ
# 先頭に「＃」が付いていない行を実行するとそこに書かれた関数がConsoleで実行される
# つまりConsoleで直接入力する代わりにSourceを実行させることができる
# 1行を実行する時は，Source画面の左の番号をクリックして反転表示（選択状態）にして，メニューバーの「Code」をクリック，プルダウンメニューの「Runs Selected Line(s)」クリックすると実行できる
# 複数行を実行したい時は，Source画面で実行したい行を左ボタンを押しながら反転表示にして，上と同じ操作で実行できる
# 関数についての説明は，次回以降に詳しく解説


# ライブラリのインストール ----
# R言語でも他の言語と同じく，他のユーザが作成し登録したライブラリという関数の集合体を利用可能
# ここでは例として後で出てくるグラフをPDFで出力するときにOSのシステムに用意されているフォントを利用可能にするライブラリをインストールしてみる
# またあわせてTeXでおなじみのComputer Modernフォントもインストールする
# このソースファイルの続く3行にマウスカーソルを移動させて（点滅している状態にして），実行する
# Consoleに自動的にコピーされて，実行される
# 勝手に情報が表示されて（何も表示されず単に改行だけの場合もある），>だけの表示になればOK

install.packages("extrafont")
library(extrafont)
font_install('fontcm')
# この場合は
# Package "fontcm" not installed. Would you like to install it from CRAN? [y/n]　と表示されたら
# 半角の y をキーボードから入力してEnterキーを押す

# その後次の関数を実行

font_import()

# Importing fonts may take a few minutes, depending on the number of fonts and the speed of the system.
# Continue? [y/n] と表示されたら半角の y を入力してEnterキーを押す（時間がかかる場合もあるのでしばし待つ）

# 次に一度だけフォントを登録するためにloadfonts()を実行

loadfonts()

# 実際にフォントが設定できたか確認するために，次の関数を実行

fonts()

# 設定されたフォントが表示されればOK


# フォントを指定したPDFファイル作成の動作確認 ----
# PDFでの出力は先で再度詳しく取り上げるので，ここではとりあえずコマンドを順に入力してもらうえばよいです
# PDFコマンドで利用可能なフォントファミリーを表示するためには

names(pdfFonts())

# 表示されたものが利用できるフォントファミリーになる
# 以下の一連のコマンドはfont-sample.pdfというファイルに縦横8インチの範囲にtext()コマンドでサンプルの文字列をフォントファミリーを指定して書き出す命令になっている

pdf("font-sample.pdf", width = 8, height = 8)
plot(1:10, type = "n", ann = F, axes = F)
text(5,9,"0123456AaBbCcDdEeFf:CM Roman", family="CM Roman", font=3, cex = 1.5)
text(5,8,"0123456AaBbCcDdEeFf:Helvetica", family="Helvetica", cex=1.5)
text(5,7,"0123456AaBbCcDdEeFf:ArialMT", family="ArialMT", font=2, cex=1.5)
text(5,6,"0123456あいうえお:リュウミン", family="Japan1Ryumin", cex = 2)
text(5,5,"0123456あいうえお:ゴシックBBB", family="Japan1GothicBBB", cex = 2)
dev.off()

# できあがったら右下のFilesからfont-sample.pdfをクリックすれば表示される
# 適当にフォントファミリー名を変えて試してみる


# 作成されたファイルのダウンロード ----
# 上記の操作でできあがったfont-sample.pdfはRStudio.cloudにあるために，例えば自分のパソコンやメールに添付する場合はダウンロードする必要がある
# ダウンロードの方法は次のようにするとよい
# 右下のFile画面で「Files」タブをクリックする
# ダウンロードしたいファイルの左横のチェックボックスにチェックを入れる
# 「More」クリックして表示されるプルダウンメニューの「Export…」をクリック
# 「Export Files」ウィンドウが表示されるので名前を変える必要がなければ「Download」ボタンをクリック
# 自分のPCのダウンロードフォルダに保存される
# 実際にfont-sample.pdfをダウンロードしてみよう


# .Rprofile の設定 ----
# Workspaceを開始する時にあらかじめいろいろな設定や関数を実行することができる
# そのためのファイルが.Rprofileである
# もともとプロットの日本語フォントが化けるのを防ぐために利用されていたが，RStudio Cloudでは開始時に任意のパッケージをロードするために利用する方が多い（先ほどのlibrary()関数）
# 内容はあまり気にせずわかるようなれば，独自の設定を追加すればよい
# ここではあらかじめ用意してあるひな形（テンプレート）をダウンロードして利用する．
# Consoleに次のコマンドをコピペするか，Sourceで次の行をクリックしてからRunのボタンを押す，あるいはメニューバーのCodeからRun Selected Line(s)を選択して実行

download.file("http://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/.Rprofile", ".Rprofile", mode="wb")

# 作業用ディレクトリに.Rprofileというファイルがダウンロードされる
# この.profileというファイルの使い道は先の回で紹介する


# 作業証跡（リアクションペーパー）用関数の作成 ----
# その日の作業履歴を添付してもらうことで作業証跡とする
# 昨年度までは課題の形でリアクションペーパーを提出していたので関数名はそのままになっている
# そのための関数を一度だけ作成する（もし消えた場合は，同じ手順で作成のこと）
# 次の行を実行する

download.file("http://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/reaction.R", "reaction.R", mode="wb")

# 右上の画面のEnvironmentを表示して，「reaction function()」が表示されていればOK


# 作業証跡用履歴ファイルの作成 ----
# Console画面でポインタが点滅していることを確認して，その画面で（Source画面と間違わないように）

reaction()

# をキーボードから入力してEnterキーを押して実行
# そうすると学籍番号を入力するように求められるので，必ず「半角数字」で入力してEnterキーを押す
# そうするとFile画面に学籍番号-年月日.Rhistoryというファイルが表示される
# このファイルをFileから，自分のパソコンにダウンロードして，それを添付する
# 設定を変更していなければ，ダウンロードというフォルダに保存されているはず
# なお拡張子を表示しない設定にしている人は，表示するように設定を変更しておくこと

# エクスプローラーあるいはファインダで拡張子を表示する方法（念のため） ----
# windows10：エクスプローラーの表示をクリック→拡張子を表示にチェック
# windows8：https://121ware.com/qasearch/1007/app/servlet/qadoc?QID=013988
# OSX：https://support.apple.com/kb/PH25381?locale=ja_JP&viewlocale=ja_JP
# OSXの場合，Finderアプリでショートカットキー[Command + Shift + .]とすると隠しファイルも表示可能