# Rのインストール(RStudio.cloudでは不要) ---- # Rのインストール: https://www.r-project.org/ # Getting Startedの段落の中ほどの"download R"をクリック # 下にスクロールしてJapan https://cran.ism.ac.jp/ # をクリック # Download and Install Rの # Download R for Linux # Download R for (Mac) OS X # Download R for Windows # いずれか自分のPCのOSにあったリンクをクリック # R for Windowsの場合 # install R for the first time. # をクリック # R-3.4.2 for Windows (32/64 bit)の # Download R 3.4.2 for Windows (76 megabytes, 32/64 bit) # をクリック # なおバージョンアップが行われるので,3.4.2のところは適宜最新版のバージョンに読み替え # ファイルを保存(R-3.4.2-win.exeのダウンロードが開始) # R-3.4.2-win.exeをダブルクリック # アプリが変更を加えることを許可云々の警告はOKでよい # セットアップに使用言語は日本語 # セットアップウィザードが表示されたら「次へ」をクリック # 一応GNUのライセンス画面が表示されるので「次へ」をクリック # インストール先の指定の画面が表示されたら,標準のC:\Program Files\R\R-3.4.0以外にインストールしたければ参照で指定する(Cドライブに空きが少ない場合はDドライブなどにインストールすることも可能) # 32bitのOSの人は32bit利用者向けインストールを64bitのOSの人は64bit利用者向けインストールを選ぶ # まあついでなんでmessage translatonsもチェックしておくとよい # 起動時オプションはいいえ(デフォルト)でOK # プログラムグループはそのまま「次へ」でOK # 追加タスクもそのまま「次へ」でOK # そうするとインストールが開始して,ほどなくして完了 # RStudioのインストール(RStudio.cloudでは不要) ---- # RStudioのインストール: https://www.rstudio.com/ # サイトの中ほどの一番左のRStudioのDownloadをクリック # Choose Your Version of RStudioのページの下の方に # Installers for Supported Platformsがあるので # Installers Size Date MD5 # RStudio 1.0.153 - Windows Vista/7/8/10 # RStudio 1.0.153 - Mac OS X 10.6+ (64-bit) # の自分のOSにあった方をクリック # なおバージョンアップが行われるので,3.4.2のところは適宜最新版のバージョンに読み替え # ファイル保存を選択 # Windowsの場合だとRStudio-1.0.153.exeがダウンロードされる # RStudio-1.0.153.exeをダブルクリック # アプリが変更を云々の警告はさっきと同様OK # セットアップウィザードが表示されたら「次へ」をクリック # インストール先の指定の画面が表示されたら,標準のC:\Program Files\RStudio以外にインストールしたければ参照で指定する(さっきと同じ) # スタートメニューフォルダを選んでくださいは「次へ」でOK # そうするとインストールが開始して,ほどなくして完了 # エクスプローラーあるいはファインダで拡張子を表示する方法 ---- # windows10:エクスプローラーの表示をクリック→拡張子を表示にチェック # windows8:https://121ware.com/qasearch/1007/app/servlet/qadoc?QID=013988 # windows7:https://www.microsoft.com/ja-jp/atlife/tips/archive/windows/tips/252.aspx # OSX:https://support.apple.com/kb/PH25381?locale=ja_JP&viewlocale=ja_JP # OSXの場合,Finderアプリでショートカットキー[Command + Shift + .]とすると隠しファイルも表示可能 # RStudioの4つの画面 ---- # RStudioはRでのデータ処理を効率化できるように,4つの画面が利用できる # Console # Source # 以下は自分の使うものを適当に選んで2つに振り分け(1つでもよい) # Environment, History, Connections,... # Files, Plots,.. # 変更はToolsのGeneral OptionsのPane Layoutで可能 # 簡単な説明は実際の画面で例示 # Rソースの読み込み ---- # メニューバーの File の Open File をクリック # Open Fileウィンドウが表示されるので,resume01.Rをクリックして,File nemeに表示されたら Open をクリック # おそらく左側が Consoleだけだったのが2分割されて表示されるはず # 文字化けした場合は File の Reopen with Encoding をクリック # Choose Encoding から UTF-8 を選択して # 下の Set as default encoding for source files にもチェックを入れて OK をクリック # インターネットから直接ダウンロードして読み込む場合は次のとおり # 例としてhttp://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/DS1-resume00.Rというファイルをダウンロード # download.file()を利用するとインターネット上のファイルをダウンロードして取り込むことができる # データなどの取り込みについては先で再度実習する # 1番目の引数が取り込むファイルのパス,2番目の引数が保存するファイル名,3番目は書き込みのモードの指定 download.file("http://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/DS1-resume00.R", "DS1-resume00.R", mode="wb") # 読み込まれたソースファイルをSource画面に表示するためには,File画面で表示したいファイルをクリック # Source画面でのコマンドの実行 ---- # この説明を読んでいるSource画面でもRのコマンドを実行することができる # 先頭に「#」が付いている行はコメントで実行しても単純にConsoleにその内容が表示されるだけ # 先頭に「#」が付いていない行を実行するとそこに書かれたコマンドがConsoleで実行される # つまりConsoleで直接入力する代わりにSourceを実行させることができる # 1行を実行する時は,Source画面の左の番号をクリックして反転表示(選択状態)にして,メニューバーの「Code」をクリック,プルダウンメニューの「Runs Selected Line(s)」クリックすると実行できる # 複数行を実行したい時は,Source画面で実行したい行を左ボタンを押しながら反転表示にして,上と同じ操作で実行できる # 作業用ディレクトリの確認と文字コード ---- # 初期設定(デフォルト)は"~" windowsの場合,"C:\User\ユーザ名"を指している(自分で変更していない場合) getwd() # working directory # Rソースファイルの#がついていない行でカーソルがある状態でメニューバーの Code の Run Selected Line(s)を # クリックするとRのコマンドを実行した結果がConsoleに表示される # #のついた行はコメントなのでそのまま表示されるだけである # 例えば,講義用にフォルダを作った場合は,R(RStudio)の作業用ディレクトリを変更する必要がある # メニューバーの Tools の Global options をクリック # Options の General の Default working directory の横の Browse をクリックして講義用に作ったフォルダを選択すればよい # Code の Saving をクリック # Default text endoding: が初期値は [Ask] になっているので,Change をクリックして UTF-8 を選択 # その後 OK をクリック # RソースファイルがRStudioのsourceウィンドウの表示幅より長いと,横スクロールしないと読めないため効率が落ちる # 折り返し表示させるためにはメニューバーの"Tools"→"Global Options"と選択してOptionsウィンドウを表示 # 左の縦並びの項目の"Code"を選択して,Editingのタブの"Soft-wrap R source files"の横のチェックボックスが空欄なら選択してチェックされた状態する # そして"OK"を選択して閉じてもらえば反映される # ライブラリのインストール ---- # ここでは例として後で出てくるグラフをPDFで出力するときにOSのシステムに用意されているフォントを利用可能にするライブラリをインストールしてみる # またあわせてTeXでおなじみのComputer Modernフォントもインストールする # RStudioのConsoleから入力 install.packages("extrafont") library(extrafont) font_install('fontcm') # Package "fontcm" not installed. Would you like to install it from CRAN? [y/n] と表示されたら半角の yでEnterキー font_import() # Importing fonts may take a few minutes, depending on the number of fonts and the speed of the system. # Continue? [y/n] と表示されたら半角の y # 一度だけフォントを登録するためにloadfonts()を実行 loadfonts() # 実際にフォントが設定できたか確認 fonts() # 設定されたフォントが表示されればOK # 32bitでextrafontがエラーを起こす場合の対処法(RStudio.cloudでは不要) ---- # OSが32bitの場合,font_import()がエラーを起こすことがある # その場合は,次のような方法で回避可能(環境によっては回避できない可能性もあり) install.packages("devtools") library(devtools) # 次にRtoolsをインストールする(以下のサイトから最新版をインストール) # https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ # Rtoolsのインストール後に以下を実行 install_github("wch/Rttf2pt1") # その後で上の font_import() を試す(たぶんうまくいくはず) # フォントを指定したPDFファイル作成の動作確認 ---- # 重要:windowsのextrafont()はバグがあるようで,利用できるように設定したシステムのフォントで使用できないものがある # バグの症状:フォントの文字幅の情報が失われていて,文字列が同じところに重なってしまう # PDFでの出力は先で再度詳しく取り上げるので,ここではとりあえずコマンドを順に入力してもらうえばよいです # PDFコマンドで利用可能なフォントファミリーを表示するためには names(pdfFonts()) # 表示されたものが利用できるフォントファミリーになる # 以下の一連のコマンドはfont-sample.pdfというファイルに縦横8インチの範囲にtext()コマンドでサンプルの文字列をフォントファミリーを指定して書き出す命令になっている pdf("font-sample.pdf", width = 8, height = 8) plot(1:10, type = "n", ann = F, axes = F) text(5,9,"0123456AaBbCcDdEeFf:CM Roman", family="CM Roman", font=3, cex = 1.5) text(5,8,"0123456AaBbCcDdEeFf:Helvetica", family="Helvetica", cex=1.5) text(5,7,"0123456AaBbCcDdEeFf:ArialMT", family="ArialMT", font=2, cex=1.5) text(5,6,"0123456あいうえお:リュウミン", family="Japan1Ryumin", cex = 2) text(5,5,"0123456あいうえお:ゴシックBBB", family="Japan1GothicBBB", cex = 2) dev.off() # できあがったら右下のFilesからfont-sample.pdfをクリックすれば表示される # PDF-XChange Viewerだとメニューバー→ファイル→ドキュメントのプロパティで開いたウィンドウでフォントを選ぶと使用されているフォントの一覧が表示される # なお警告が表示されたら,どれかのフォントファミリーの文字幅情報がバグっている(文字列が重なっているはず) # 適当にフォントファミリー名を変えて試してみる # ghostscriptのインストール(RStudio.cloudでは不要) ---- # webでghostscriptのインストール方法を検索して,装置に適した最新版をインストールする # 管理者ユーザ以外でインストールしている場合は管理者権限必要になるところがある # なおこのghostscriptはPDF形式でグラフを出力するときにフォントを埋め込むために利用する # ghostscriptとRの連携のチェック(RStudio.cloudでは不要) ---- # RStudioからghostscriptが呼び出せることを確認する find_gs_cmd(gs_cmd = "") # を実行して表示される内容を確認する # D:\\gs\\gs9.21\\bin\\gswin32c.exe # "D:\\gs\\gs9.21\\bin\\gswin32c.exe" # のようにgswin32c.exeへのフルパスが表示されればよい # 次に以下のコマンドを実行する Sys.setenv(R_GSCMD = find_gs_cmd(gs_cmd = "")) # 一応確認のため次のコマンドを実行して,きちんとセットされていることを確認 Sys.getenv("R_GSCMD") # なお find_gs_cmd(gs_cmd = "") # を実行して,フルパスが表示されない場合は,システムの環境変数にgswin32c.exeのパスを追加するか,あるいは Sys.setenv(R_GSCMD = "D:\\gs\\gs9.21\\bin\\gswin32c.exe") # のように自分のgswin32c.exeへのフルパスを書いて実行する # ここまでできたら,上でフォントを指定して作成したPDFファイルにフォントを埋め込んでみる embed_fonts("font-sample.pdf", outfile = "font-embeded.pdf", options="-c \"<> setdistillerparams\" -f ") # 上のfont-sample.pdfのときと同じようにfont-embeded.pdfで使用されているフォントを表示して,違いを確認する # 作成されたファイルのダウンロード(RStudio.cloudのみ) ---- # 上記の操作でできあがったfont-sample.pdfはRStudio.cloudにあるために,例えば自分のパソコンやメールに添付する場合はダウンロードする必要がある # ダウンロードの方法は次のようにするとよい # 右下のFile画面で「Files」タブをクリックする # ダウンロードしたいファイルの左横のチェックボックスにチェックを入れる # 「More」クリックして表示されるプルダウンメニューの「Export…」をクリック # 「Export Files」ウィンドウが表示されるので名前を変える必要がなければ「Download」ボタンをクリック # 自分のPCのダウンロードフォルダに保存される # 実際にfont-sample.pdfをダウンロードしてみよう # .Rprofile の設定 ---- # 先ほど決めた作業用ディレクトリに.Rprofileという設定ファイルを置くとプロットの日本語フォントが化けるのを防ぐことができる. # 内容はあまり気にせずわかるようなれば,独自の設定を追加すればよい # ここではあらかじめ用意してあるひな形(テンプレート)をダウンロードして利用する. # Consoleに次のコマンドをコピペするか,Sourceで次の行をRun Selected Line(s)で実行 download.file("http://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/.Rprofile", ".Rprofile", mode="wb") # 作業用ディレクトリに.Rprofileというファイルがダウンロードされる(たぶんこの方法が一番確実にダウンロードできる) # リアクションペーパー用関数の作成 ---- # 講義の最後に書いてもらうリアクションペーパーにその日の作業履歴を添付してもらう # そのための関数を一度だけ作成する(もし消えた場合は,同じ手順で作成のこと) # 次の行を実行する download.file("http://www.sip-ac.jp/sip/konan_text/reaction.R", "reaction.R", mode="wb") # File画面でreaction.RをクリックしてSource画面に表示 # 先頭に#が付いていない行を選択して,実行する(Source画面の「Run」ボタンでもOK) # 右上の画面のEnvironmentを表示して,「reaction function()」が表示されていればOK # リアクションペーパー用履歴ファイルの作成 ---- # 左上のConsole画面で reaction() # を実行 # 学籍番号を入力するように求められるので,半角数字で入力してEnterキーを押す # そうするとFile画面に学籍番号-年月日.Rhistoryというファイルが作成される # MyKONANに添付する時は,自分のパソコンにダウンロードして,それを添付する